首都醫科大學附屬北京友誼醫院原名為北京蘇聯紅十字醫院，始建於1952年。是新中國成立後，在蘇聯政府和蘇聯紅十字會援助下，由中國政府建立的第壹所大醫院。1954年，醫院從甘水橋舊址遷入現址。毛澤東主席、劉少奇副主席、周恩來總理、朱德委員長專為醫院親筆題詞。1957年3月，蘇聯政府將醫院正式移交我國,周總理親自來院參加了移交儀式。1970年，周總理親自為醫院定名為“北京友誼醫院”。
醫院占地面積9.4余萬平方米，業務用房所占建築面積15萬平方米。全院現有職工2200余人，其中具有正副主任醫師、正副教授、研究員及相應職稱的高級技術人員近400人。設有臨床及醫技科室43個。日門診量5000人次以上，年出院20000多人次。現有實際開放床位960張。作為首批北京市基本醫療保險A類定點醫療機構，全市患者均可來院參保就醫；醫院還承擔著8000多名司局級以上幹部的醫療保健任務，並為外賓和來自全國各地的患者提供服務。
醫院設有北京市臨床醫學研究所、北京熱帶醫學研究所和北京市衛生局泌尿外科研究所，擁有壹批學科帶頭人和技術骨幹。
經過幾代友誼人的不懈努力，醫院建設得到了迅速發展，在保持綜合優勢的基礎上，突出特色，打造優勢學科群。率先成立了北京市衛生系統的跨學科、跨專業的疑難病綜合會診中心；發揮強強聯合優勢，成立了以消化內科、普外科、肝病中心為龍頭的北京市消化疾病中心，在診治消化急危疑難重癥方面處於國內領先水平；成立了以心血管內、外科合並模式的心血管疾病診治研究中心，開辟了挽救急性心肌梗塞患者生命的綠色通道。
醫院承擔了九五、十五、十壹五攻關支撐課題、973、863、國家自然科學基金、衛生部公益性項目和市級課題，並擔負著世界衛生組織在寄生蟲、麻風病等方面課題的研究工作。醫院內科學（消化系病）、影像與核醫學2個學科為首都醫科大學國家重點（培育）學科。近20年來，先後獲國家級、部級、市級、局級科研成果獎400余項。
醫院是首都醫科大學臨床醫學院，是培養高層次醫學人才的臨床教學基地。首都醫科大學消化病學系、麻醉學系、醫學影像學系、骨科學系、中西醫結合學系5個學系掛靠醫院。承擔著七年制研究生、五年制本科生教育。同時，承擔著國家級和市級繼續教育項目多項。自70年代開始招收碩士、博士研究生、並設有博士後流動站。醫院有研究生導師近90名，有多名教授在國際醫學專業學會任職，有20余名教授在中華醫學會各專業學會、北京分會以及國家級雜誌擔任副主委以上職務。
醫院積極開展多渠道、多領域的國際交流合作。先後與美國、日本、韓國、丹麥、俄羅斯等國家和地區的醫療機構建立了友好合作關系，派出各專業人員出國深造，設立李桓英基金會資助青年骨幹出國研修項目，促進了醫院學術水平的提高。
醫院曾被授予全國先進基層黨組織、全國“三八”紅旗集體、全國模範職工之家、多次被授予首都文明單位標兵等光榮稱號。
幾代友誼人實踐著“仁愛博精”的友誼精神，開創北京友誼醫院更加美好的未來。