1946年3月1日北平市立傳染病醫院成立，設有病床100張。
1949年2月改名為北京市傳染病醫院。
1951年與北京醫學院傳染病教學組合作傳染病臨床教學工作，後成為其教學醫院。
1959年北京市傳染病醫院改名為北京第壹傳染病醫院。
1970年北京第壹傳染病醫院奉命遷往甘肅。
1973年2月在地壇公園13號原址重建北京第壹傳染病醫院。
1989年2月醫院設立北京市病毒傳染病防治研究中心。
1989年北京第壹傳染病醫院更名為北京地壇醫院。設床位500張。
2008年9月醫院遷址落戶北京市朝陽區北臯。