壹、來源不同
山莨菪堿：由茄科植物山莨菪中提取得到的生物堿，簡稱654-1，還可以用人工合成方法制得，稱為654-2，現基本使用人工合成品654-2。
東莨菪堿：是由洋金花、顛茄、莨菪等植物中提取得到的壹種生物堿。
二、分子結構不同
山莨菪堿：山莨菪堿結構中醇部分在 6位有壹個β－ 取向的羥基，使山莨菪堿分子極性增強，難以通過血腦屏障，中樞作用很弱，極少引起中樞興奮癥狀。
東莨菪堿：東莨菪堿的醇部分在 6，7 位間有壹個 β－ 取向的氧橋基團，這使東莨菪堿的脂溶性增強，易進入中樞神經系統，是莨菪生物堿中中樞作用最強的藥物。
由於兩者結構不同，導致其作用部位的不同。東莨菪堿主要作用於中樞，治療中樞功能障礙，易進入血腦屏障和胎盤屏障。山莨菪堿主要作用於外周，治療外周的痙攣。正是由於山莨菪堿和東莨菪堿結構上的差異以及作用部位的不同，表現在藥理作用和適應癥上，兩者也有不同之處。
三、藥理作用不同
山莨菪堿作用與阿托品相似或稍弱。654-1與654-2的作用與用途基本相同，只是後者的不良反應略大。可解除平滑肌痙攣、血管痙攣（尤其是微血管），改善微循環，同時有解痙陣痛作用。但擴瞳和抑制腺體（如唾液腺）分泌作用較弱，且極少引起中樞興奮癥狀。
東莨菪堿為外周抗膽堿藥，其外周作用與阿托品相似，對腸道平滑肌的解痙作用較強，其散瞳及抑制腺體分泌作用比阿托品強，對呼吸中樞具興奮作用，但對大腦皮質有明顯的抑制作用，還有擴張毛細血管、改善微循環以及抗暈船、暈車等作用。
四、適應癥不同
1、山莨菪堿用於
①感染性中毒休克，如暴發型流行性腦脊髓膜炎、中毒性痢疾等（需與抗菌藥合用）。
②血管痙攣和栓塞引起的循環障礙：腦血栓、腦栓塞、癱瘓、腦血管痙攣、血管神經性頭痛、血栓閉塞性脈管炎等。
③各種神經痛：三叉神經痛、坐骨神經痛等。
④解除平滑肌痙攣、胃腸絞痛、膽道痙攣等。
⑤有機磷中毒，但效果不如阿托品。
⑥眩暈病。
⑦眼底疾患：如中心性漿液性脈絡膜視網膜病變、視網膜色素變性、視網膜動脈血栓等。
2、東莨菪堿用於
①胃腸道痙攣、膽絞痛、腎絞痛、胃腸道蠕動亢進。
②胃腸道內鏡檢查的術前準備、內鏡逆行胰膽管造影等，以減少腸道蠕動。
③用於全身麻醉前給藥、暈動病、帕金森病、狂躁性精神病、有機磷中毒。
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