2013年版目錄在保持新農合報銷藥物政策相對穩定性和連續性的基礎上，適當擴大目錄範圍，並按照實施基本藥物制度的要求，將現行國家基本藥物品種和自治區增補品種全部納入。今後，凡國家基本藥物和自治區增補品種均自動納入新農合報銷藥物目錄。
2013年版目錄藥物品種總數為2013個(不包括中藥飲片)，其中化學藥品與生物制品1278個，中成藥(包括民族藥)638個，醫院內中藥(壯藥)制劑97個。在備註中對現行國家基本藥物和自治區增補品種進行了標註，便於各地落實基本藥物新農合報銷政策。
對納入目錄的醫院內中藥(壯藥)制劑，在自治區食品藥品監督管理局辦理相關手續後，按照有關法規和標準，依據《關於印發廣西壯族自治區醫療機構中藥民族藥制劑調劑使用管理實施細則(試行)的通知》(桂食藥監註〔2011〕31號)要求生產和使用，並在醫療機構制劑註冊批件批準文號有效期內有效，批準文號撤銷則自動作廢。