FD的癥狀復雜多樣，主要包括餐後飽脹、早飽、上腹痛和上腹部燒灼感。 癥狀應位於上腹部，指劍突水平線下至臍水平線上，兩側不超過鎖骨中線的區域內。癥狀以慢性起病，反復加重或持續存在為特點。
該病患者可能與其他功能性胃腸道疾病同時存在如腸易激綜合征等，往往存在精神心理異常如焦慮、抑郁等。其癥狀可因飲食不節、精神緊張、勞累、睡眠障礙等加重或出現。