南寧市衛生局是市人民政府職能部門，主管全市醫療衛生工作。內設黨政辦公室、規劃財務科、突發公***衛生事件應急辦公室、疾病預防控制科、衛生法制與監督科、農村衛生管理科、婦幼保健與社區衛生科、醫政科、市幹部醫療保健辦公室、人事科、紀檢監察室、市愛國衛生運動委員會辦公室等12個職能科室。局屬事業單位17個，分別為南寧市1—9醫院、紅十字會醫院、中醫院、婦幼保健院、衛生監督所、疾病預防與控制中心、南寧中心血站、南寧衛生學校、江南片婦幼保健院等，代管的事業單位有南寧市醫藥學會辦公室、南寧市衛生信息中心、南寧市衛生人才與技術服務中心等3個單位，在崗職工7千余人。