主要區別是，性質不同、生理特征不同、應用不同，具體如下：
壹、性質不同
1、多粘類芽孢桿菌
多粘類芽孢桿菌屬於類芽孢桿菌屬，是壹種產芽孢的革蘭氏陽性細菌。是壹類生理特性多樣的桿狀細菌，也是土壤與植物微生態的優勢種群之壹。?
2、枯草芽孢桿菌
枯草桿菌是芽孢桿菌屬的壹種, 廣泛分布在土壤及腐敗的有機物中, 易在枯草浸汁中繁殖而得名。
二、生理特征不同
1、多粘類芽孢桿菌
是壹種產芽孢的革蘭氏陽性細菌，其細胞呈直桿狀，大小為(0.5～2.5μm)×(1.2～10 μm)，G+C含量為40%～50%，其菌落特征多呈淺黃或白色的粘稠狀，表面濕潤光滑，可利用周生鞭毛運動，膨大孢子囊中產生橢圓型芽孢，最適生長pH為7.0，最適溫度為28～35℃，分解葡萄糖和其他糖類，能產酸，有時產氣，在營養瓊脂上無可溶性色素。
2、枯草芽孢桿菌
枯草芽孢桿菌，單個細胞為 ( 0. 7 ～ 0. 8)μm× ( 2 ～ 3)μm , 著色均勻。無莢膜, 有鞭毛,，能活動, 革蘭氏染色為陽性,，芽孢 ( 0. 6 ～ 0. 9)μm ×( 1. 0～ 1. 5)μm , 位於菌體中央或稍偏,，芽孢形成後菌體不膨大。菌落表面粗糙不透明, 汙白色或微黃色, 在液體培養基中生長時常形成皺 壁, 為需氧型細菌。
枯草芽孢桿菌具有孢子休眠期、生殖生長期兩個生長時期，枯草芽孢桿菌會在生長環境惡劣、營養物質缺乏等不適宜的環境下進入孢子休眠期，並且形成具有極強抗逆作用、在高溫、酸堿等極性環境下亦可生存的芽胞，從而適應環境得以生存。壹旦環境變得適宜生長、營養充足，芽胞會自動進入生殖生長期，芽胞重新生長為枯草芽孢桿菌。
三、應用不同
1、多粘類芽孢桿菌
在農業中的應用主要體現在兩個方面：壹是作為微生物肥料促進植物的生長和增產。二是作為生物農藥防治植物多種病害。
2、枯草芽孢桿菌
①、水產養殖
枯草芽孢桿菌對水產養殖中的弧菌、大腸桿菌和桿狀病毒等有害微生物有很強的抑制作用,能分泌大量幾丁質酶，分解養殖池中的有毒有害物質，凈化水質,同時能分解池中的殘餌、糞便、 有機物等，具有很強的清理水中垃圾小顆粒的作用。
②、植物抗病
枯草芽孢桿菌通過成功定殖至植物根際、體表或體內，與病原菌競爭植物周圍的營養，分泌抗菌物質以抑制病原菌生長，同時誘導植物防禦系統抵禦病原菌入侵，從而達到生防的目的。
③、動物飼料生產
枯草芽孢桿菌是動物飼料中常添加的益生菌種， 它以芽孢的形式添加於動物飼料中。芽孢是處於休眠狀態的活細胞，能夠耐受飼料加工過程中的不良環境， 制備成菌劑後穩定且易存儲，並且在進入動物腸道後能夠迅速復蘇和繁殖。
④、醫藥領域
枯草芽孢桿菌分泌的多種胞外酶已應用到許多不同領域中，其中脂肪酶和絲氨酸纖溶蛋白酶( 即納豆激酶)被廣泛應用於醫藥行業。
⑤、水質凈化
枯草芽孢桿菌可以作為微生物調節劑，起到改善水質、抑制有害微生物的作用，能夠創造優良的水生態環境。
百度百科-多粘類芽孢桿菌
百度百科-枯草芽孢桿菌