截至2015年底，學校擁有直屬附屬醫院2所，非直屬附屬醫院9所；其中學校直屬附屬醫院——江西省中醫院是壹所集醫療、教學、科研、預防保健、康復於壹體的綜合性醫院，是江西省首家“三級甲等中醫醫院”，截至2015年底，該院擁有編制床位1600多張，有衛生部臨床重點專科中醫項目5個、國家中醫藥管理局重點建設學科3個、重點專科建設項目12個，主持的國家重點基礎研究發展計劃（973）項目“灸療熱敏規律及科學基礎研究”，實現了江西省醫療界國家973課題立項零的突破。先後被評為“全國衛生系統先進單位”、“全國醫藥衛生系統先進集體”、“全國衛生系統行風建設先進集體”。