1、性質不同。根據查詢中國農業網顯示，黑珍珠番茄原產南美，在光合作用下自然形成；而糖水番茄是壹道以番茄、白糖等為主要原料的菜品，兩者性質不同。
2、顏色不同。黑珍珠番茄在未成熟時果實內含有大量花青素，是黑色，得名“黑珍珠”，而糖水番茄是以番茄味原料，有紅色、白色等，兩者顏色不同。