根據患者的感染度、免疫狀態、營養狀況、治療是否及時等因素不同而異。日本血吸蟲病可分為急性、慢性和晚期三期。當尾蚴侵入皮膚後，部分患者局部出現丘疹或蕁麻疹，稱尾蚴性皮炎。當雌蟲開始大量產卵時，少數患者出現以發熱為主的急性變態反應性癥狀，常在接觸疫水後1～2月出現，除發熱外，伴有腹痛、腹瀉、肝脾腫大及嗜酸性粒細胞增多，糞便檢查血吸蟲卵或毛蚴孵化結果陽性，稱急性血吸蟲病。然後病情逐步轉向慢性期，在流行區，90％的血吸蟲病人為慢性血吸蟲病，此時，多數患者無明顯癥狀和不適，也可能不定期處於亞臨床狀態，表現腹瀉、糞中帶有粘液及膿血、肝脾腫大、貧血和消瘦等。壹般在感染後5年左右，部分重感染患者開始發生晚期病變。根據主要臨床表現，晚期血吸蟲病可分為巨脾、腹水及侏儒三型。壹個病人可兼有兩種或兩種以上表現。在臨床上常見是以肝脾腫大、腹水、門脈高壓，以及因側支循環形成所致的食管下端及胃底靜脈曲張為主的綜合征。晚期病人可並發上消化道出血，肝性昏迷等嚴重癥狀而致死。兒童和青少年如感染嚴重，使垂體前葉功能減退，及其他因素可影響生長發育和生殖而致侏儒癥。因肝纖維化病變在晚期常是不可逆的，並且對治療反應甚差，從而導致臨床上難治的晚期血吸蟲病。
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