益生菌產品雖然也可以單獨食用，但最佳食用時間為飯後。因為有食物中和胃酸，更有利於活菌順利到達腸道發揮作用，所以飯後飲用效果更佳。註意益生菌與抗生素不能同服，至少得間隔2小時以上。
2 益生菌要吃多久
益生菌不是藥，至少要服用兩個星期才會看到效果。對於免疫力低下的人群，如果要鞏固效果的話建議服用2個月的周期。另外，在應用益生菌進行治療腹瀉、便秘等腸道疾病時，建議在癥狀完全緩解後繼續服用益生菌制劑壹周以上，以鞏固益生菌對腸道菌群調節的功效。
而含益生菌的食物，如酸奶、奶酪、發酵豆乳、泡菜、食醋、發酵食物等可經常食用。
3 益生菌怎麽吃最好
益生菌要註意即開及食，不宜暴露在空氣中過久，以免失去活性。對於含益生菌的飲品，最好是在冷藏條件下取出後直接食用，避免高溫加熱，當溫度超過60℃時，益生菌會進入衰亡階段。
如果是沖調含有益生菌的奶粉或制劑，也要註意使用溫開水（35～40℃），沖泡好的奶或益生菌制劑要及時服用，以免益生菌死亡失效。
4 適合吃益生菌的人群
1、腹瀉和習慣性便秘人群：這類人群均有腸道菌群失調，吃些益生菌能調理腸道。
2、腸炎患者：補充益生菌可取得壹定療效。
3、消化不良者：如上腹脹滿、厭食、燒心等癥，檢查無胃肝膽胰疾病。益生菌可促進消化。
4、中老年人：人體腸道內雙歧桿菌等益生菌會隨年齡老化而減少。補充益生菌可作為老人壹種保健方法。
5、剖腹產兒、早產兒、低體重兒、人工餵養兒：這些孩子免疫力低下，三天兩頭不是感冒就是腸炎。
6、肝硬化、腹腔炎患者：補充益生菌可，降低腸內酸度和血中內毒素含量。