1、術後疼痛椎間盤內註射的患者較易發生術後疼痛加劇，究其機理，椎間盤容積有限，膠原纖維在膠原酶作用下出現降解，導致椎間盤內容物增加和椎間盤內壓增高，椎管內竇神經受到激惹後出現。疼痛持續時間較長的原因是：椎間盤是機體中最大的無血供組織，其物質代謝完全依靠軟骨板的滲透或經纖維環彌散，代謝速度較慢。另外，這種疼痛反應多呈單波峰曲線，即註藥後基本無痛，伴隨溶解物的增加，疼痛反應逐漸加重直至達到高峰。隨著溶解物的吸收，椎間盤內壓逐漸減低，疼痛反應也逐漸減輕直至消失。同時，這種疼痛反應還與患者的纖維環破裂程度、註入膠原酶的濃度和液體量以及患者對疼痛的耐受程度等具有直接關系。通過臨床觀察，以400～600U/1ml註入者疼痛反應輕，1200U/2ml註入者疼痛反應重。對於疼痛加劇患者，在疼痛高峰期可下肢截癱使用麻醉性鎮痛藥如哌替啶或嗎啡來緩解疼痛。
2、尿瀦留與腸麻痹
此兩種副作用偶見於椎間盤內註射的患者。其機制是由於椎間盤內壓增加後椎管內竇神經受到刺激引起自主神經系統功能紊亂所致。為預防此副作用，可在治療前給予灌腸，口服緩瀉劑或酌情給予小劑量的利尿藥。多食用粗纖維食物，增加腸蠕動。
3、脊柱失穩性腰背痛
此種情況可發生在進行椎間盤內註射的患者，與膠原酶的應用劑量和濃度具有直接關系，人體腰椎間隙（椎間盤厚度）大約為9mm，椎間盤被溶解後椎間隙變窄，脊椎小關節出現重疊，椎間關節的關節囊有竇返神經分布，而竇返神經對牽拉反應較為敏感，這樣就會出現反射性腰背部不適感和疼痛。預防的措施主要是依據臨床體征並結合影像學特點確定合適的膠原酶用量。
4、雖然有關膠原酶椎間盤溶解術的過敏反應在國內外均無報道，但作為壹種生物制劑，其存在發生過敏反應的高度可能性。為何無過敏反應的報道，可能與臨床註藥前采取相應的抗過敏措施等較為妥當有關。故在臨床進行膠原酶椎間盤溶解術時，註射後首先應觀察患者有無過敏反應的發生，壹旦出現，應立即給予對癥處理，原則與其他藥物過敏相同，因為膠原酶本身沒有特異性的拮抗藥物，同時也無法在治療前進行過敏試驗。
5、椎間隙感染
椎間隙感染患者的主要臨床表現為腰背部肌肉痙攣明顯，腰痛加劇，有深壓痛，白細胞計數和分類正常，血沈明顯增快，早期X線檢查無特異征象。大約在1個月後出現註藥椎間隙變窄，椎體骨質破壞，伴有硬化，3～4個月出現椎體融合。
臨床處理包括給予抗生素，腰部制動或雙下肢皮牽引，必要時行雙髖人字石膏固定，固定和應用抗生素的時間應為6周以上。椎體融合後腰背痛癥狀即可消失。
6、神經損傷
造成神經損傷的主要原因是在穿刺過程中誤傷脊髓神經外膜，高濃度的膠原酶溶液使神經根發生脫水變性等。嚴重者可發生下肢截癱。國內發生下肢截癱的已有多例，有的還是知名專家所為，教訓慘痛。對此，應采取如下預防措施：①盡量在局部麻醉下進行穿刺，進針速度應緩慢。②壹旦發生誤穿神經根時應停止操作，等7～10d後再行穿刺。③註藥前應認真行回抽檢查，如有血液或腦脊液應放棄註射。④如出現神經損傷的體征，應每天檢查受累神經根區的感覺、肌力、深反射、病理反射、腦膜刺激癥狀、腰背痛情況、體溫變化等。同時給予大劑量的神經營養藥物，並同時選用針灸、電刺激、穴位註射或埋線等輔助治療手段。合並有肌肉萎縮者，應及時進行功能鍛煉。神經性肌肉癱瘓者，在經肌電圖檢查證實後可擇期行肌腱移位術或相應關節的融合術。
7、繼發性腰椎管狹窄
關於膠原酶椎間盤溶解術引起繼發性腰椎管狹窄的問題，通常認為此種狹窄是由於纖維環溶解椎間隙高度下降所致，以治療後1～2個月時最為明顯，3～6個月時椎間隙又有不同程度的增寬；6個月以後椎間隙不再有變化。在動物實驗時觀察到，在實施椎間盤溶解術之後的3周至2年內，將實驗動物分批處死後可見被膠原酶溶解的椎間盤組織被透明纖維軟骨替代充填。據此推測，椎間隙高度在椎間盤溶解術之後先是變窄，後有所恢復是由於透明纖維軟骨充填所致。所以，施行椎間盤溶解術的患者，應有3個月左右的恢復和適應時間。