望京醫院現設有急診科、重癥監護病房（ICU）、心血管內科（內設CCU）、內
分泌腎病科、呼吸科、風濕免疫科、腫瘤科、脊柱壹科、脊柱二科、創傷壹科、創傷二科、骨關節壹科、骨關節二科、關節鏡科、外科、神經外科、婦科、兒科、皮膚科、針灸科、手術麻醉科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、推拿科、理療科、預防保健科、社區服務站（望京西園四區社區衛生服務站）、感染性疾病科、藥劑科、放射科、功能檢查科、檢驗科、病理科、血液凈化中心等35個臨床醫技科室、54個專家專病及門診，並設有120望京急救站。目前我院開放床位數550張，日均門診量2400人次。現有職工871人，其中高級職稱120人，中級職稱207人，博士生導師10人，碩士生導師33人，享受政府特殊津貼17人。我院在四肢新鮮與陳舊骨折、肢體畸形矯正、類風濕性關節炎、強直性脊柱炎、股骨頭無菌性壞死、拇外翻及相關畸形、老年退行性骨關節病、腰椎間盤突出癥、腰椎管狹窄癥、頸椎病、骨性關節炎、心腦血管病、外科疾病、婦科疾病、中風偏癱、腎病、尿毒癥、糖尿病、哮喘、氣管炎、腫瘤、進行性肌營養不良等病癥的治療上獨具特色，部分專病的治療在國內居領先水平，在國際上享有盛譽。