那麽肛瘺形成的原因主要有三個方面：
第壹、直腸肛門損傷所致。
如果直腸或者肛門部位受到損傷，比如外傷，或者是在肛門鏡檢查時不小心損傷到了肛管直腸，就會因為傷口發生感染而出現肛瘺的病癥。而對於女性來說，在做會陰部手術時，也可導致肛門損傷，從而誘發肛瘺。
第二、肛腸疾病所致。
大多數情況下肛瘺都是由於壹些肛腸疾病所致，可能是患有肛膿腫、痔瘡或者肛裂等，這時如果不及時進行治療，就可能會導致肛瘺的發生。而如果原本患有潰瘍性大腸炎或者直腸肛管癌，就往往也會增加肛瘺的發病幾率。
第三、其它病因。
血行感染會導致肛瘺的發生，這主要是由於患者有糖尿病、白血病或者再生障礙性貧血等病。除此之外，還有可能是淋巴肉芽腫、放射菌病以及尾骶骨髓炎所致。