1、組織擬訂國民健康政策，擬訂衛生健康事業發展法律法規草案、政策、規劃，制定部門規章和標準。
2、與國家醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
3、與國家藥品監督管理局***同組織國家藥典委員會並制定國家藥典，建立重大藥品不良反應和醫療器械不良事件相互通報機制和聯合處置機制。
4、負責健康中國戰略協調推進工作，組織擬訂衛生健康事業發展中長期規劃，指導衛生健康服務體系及信息化建設，組織開展愛國衛生運動和衛生健康統計工作。
5、負責機關和預算管理單位預決算、財務、資產管理和內部審計工作。
6、組織起草法律法規草案、規章和標準，承擔規範性文件的合法性審查工作，承擔行政復議、行政應訴等工作。