國家中醫藥管理局：國家中醫藥管理局是中央政府主管中醫藥事務的部門，也是中醫針灸師證書的主要頒發機構。國家中醫藥管理局會根據相關法律法規和政策規定，對符合條件的中醫針灸專業人員進行考核和評定，頒發中醫針灸師證書。
中醫藥高等教育機構：中醫藥高等教育機構也可以頒發中醫針灸師證書。這些機構包括中醫藥大學、中醫藥學院等。這些機構會根據自身的教學和科研情況，對符合條件的學生或研究生進行考核和評定，頒發中醫針灸師證書。
各省中醫藥管理局：各省中醫藥管理局也是中醫針灸師證書的頒發機構之壹。各省中醫藥管理局會根據國家中醫藥管理局的要求，對本地區符合條件的中醫針灸專業人員進行考核和評定，頒發中醫針灸師證書。