1. 方法壹：瘺管切開術。適用於瘺管屬括約肌間型或經括約肌型的較淺部分的肛瘺，切開後只損傷壹部分內括約肌或外括約肌皮下部及淺部，不會引起術後肛門失禁。
2. 方法二：掛線療法。是壹種緩慢切開法，利用橡皮筋的機械壓迫作用，使結紮處組織逐漸壓迫壞死，在對瘺管表面組織的切割過程中，基底創面同時逐漸愈合，結紮線可作為瘺管引流物，使瘺道內滲液排出，防止肛瘺急性感染發生，此種方法最大的優點是肛管括約肌被逐漸切開，但又不致因收縮過多而位置改變，壹般不會造成肛門失禁，在操作上也是極為簡單的，而且，其所產生的痛苦，也是微乎其微的，是目前最常用的壹種方式。
3. 方法三：肛瘺切除術。適用於低位單純性肛瘺，切開瘺管後將瘺管壁全部切除至健康組織，並使創面內小外大，壹般不予縫合。
註意事項
得了肛瘺壹定要盡快進行治療，而在治療期間，患有肛瘺的人也應註意多吃清淡含豐富維生素的食物，如綠豆、蘿蔔、冬瓜等新鮮蔬菜。