藥監局是國家藥品監督管理局。商務局是隸屬於地方政府的行政單位。
食藥局是國家食品藥品監督管理局，質監局是國家質量監督檢驗檢疫總局，現二者均被整合為國家市場監督管理總局。
三者機構不同，職能不同。
壹、國家藥品監督管理局的職能包括：
1.負責起草食品（含食品添加劑、保健食品，下同）安全、藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫療器械、化妝品監督管理的法律法規草案，擬訂政策規劃，制定部門規章；
2.推動建立落實食品安全企業主體責任、地方人民政府負總責的機制，建立食品藥品重大信息直報制度，並組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品藥品安全風險。
3.除此之外還承辦國務院以及國務院食品安全委員會交辦的其他事項。
二、以北京市商務局為例，商務局的職能包括：
1.研究本市內外貿易和對外經濟合作的發展戰略，起草有關內外貿易和對外經濟合作方面的地方性法規、規章草案，提出內外貿易和對外經濟合作的中長期發展規劃及年度計劃，並組織實施；
2.起草本市有關口岸工作的地方性法規、規章草案，研究提出口岸發展規劃及政策措施，並組織實施，管理口岸工作。
3.除此之外還承辦市政府交辦的其他事項。
三、國家市場監督管理總局的職能包括：
1.負責市場綜合監督管理。起草市場監督管理有關法律法規草案，制定有關規章、政策、標準，組織實施質量強國戰略、食品安全戰略和標準化戰略，擬訂並組織實施有關規劃，規範和維護市場秩序，營造誠實守信、公平競爭的市場環境。；
2.組織實施與質量監督檢驗檢疫相關法律、法規，指導、監督質量監督檢驗檢疫的行政執法工作；
3.負責全國與質量監督檢驗檢疫有關的技術法規工作。
4.除此之外還承辦國務院、質檢總局或當地政府交辦的其他事項。
北京市商務局_百度百科
國家藥品監督管理局
中華人民***和國國家市場監督管理總局_百度百科