1、易誘發炎癥感染
服用流產藥物之後，子宮腔內的胚囊組織會在當天排出，如果胚囊組織排出不全，子宮內膜修復欠佳，宮頸口過於松弛，導致女性私處出血時間延長，若在這段不註意調養，導致細菌感染，往女性私處逆行，容易引起子宮內膜炎癥;長期的慢性失血還會引起貧血，導致身體抵抗力下降。
2、流產不全
藥物流產容易導致流產不全，胚囊組織若是沒有完全排出體外，那麽剩余的胎膜組織殘留在子宮內，會影響子宮收縮，以及子宮內膜創面修復，導致女性私處流血量明顯增加，嚴重的甚至出現大出血，導致休克，甚至危及生命。
3、抑制卵巢功能
有的女性服用流產藥物之後，可能出現月經失調的現象，表現為月經周期縮短或延遲，藥物作用還會贏到卵泡生長發育，甚至抑制排卵，從而影響日後受孕。
4、流產藥物副作用大
服藥過程中，女性可能出現惡心，嘔吐，腹痛，腹瀉等反應，並且還會出現出血時間長，出血多的現象。
大部分人流產都是服用米非司酮，這類藥物患有心臟病，內分泌疾病，肝腎功能異常，各種器官腫瘤，血液病，高血壓的人群不能服用。
5、擾亂內分泌
米非司酮具有甾體結構，這是壹種抗孕激素，從子宮受體水平幹擾孕酮對妊娠的支持作用，服用不當容易造成內分泌失調，並且危害到子宮和卵巢。
6、造成不孕
靠服藥流產容易導致輸卵管堵塞，宮頸粘連，從而造成不孕。
如果藥物流產沒有流幹凈，清宮手術操作不當，也可能造成不孕。
流產藥物含激素多，對子宮或卵巢傷害大，也是造成不孕的常見原因。
7、藥物流產註意事項
1、組織物排出後需在醫院留察1小時。若女性私處流血不多可以回家休息。
2、流產後2周內適當休息，吃富有營養食物，不做重體力勞動。
3、註意會陰清潔，女性私處流血未凈時禁盆浴及性生活。
4、流產後的最初2～3天，女性私處流血量壹般相當於月經量或略多於月經量，若女性私處流血量很多或持續不凈要及時就診。
5、未見組織物排出者用藥後觀察2周，期間大、小便時應註意有無組織物排出。每周送尿作妊娠試驗檢查。
6、部分人會遇到藥物流產後藥流不清的情況，這時候殘余的胎膜組織會造成血崩，須立即入院進行刮宮清理。
7、流產後可能很快恢復排卵，應采取避孕措施，以免再次妊娠。