益生菌對胃酸很敏感，正常胃酸PH值為1.8左右，這樣的環境不利於益生菌的存活。因此需要找到胃酸低，即PH值相對較高的時機服用益生菌。
傳統認為嬰幼兒空腹時的胃酸PH值為4-5，但是據國內外研究發現，新生兒（28天內）空腹胃酸PH值為2.3左右，1歲以後PH值為1.9左右，已經接近成人水平，空腹時由於饑餓和受到食物誘導時，中樞神經會“指揮”胃部分泌更多胃酸，這樣的環境顯然是不適合益生菌生存。
此外，早上剛起床時分泌的胃酸較少，但是能否達到適合益生菌生存的PH值，還沒有找到理論依據，尚有爭論，因此不建議早上空腹食用益生菌。
進食後食物對胃壁的刺激，中樞神經進壹步指導胃酸分泌增多，在胃部消化的初期，胃酸分泌逐漸達到高峰，因此在吃飯時補充效果也不太好，但比起空腹來說好得多；
在餐後半小時-1小時後，達到了飽腹感，胃酸的分泌有所減少，加之此時食物還在胃中，可以中和胃酸，PH值有所升高，大大減少了對益生菌的破壞，這期間攝入益生菌是比較適合的。
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