①壹般治療：消化道隔離、飲食調整。保證足夠水分、電解質及酸堿平衡。
②病原治療：喹諾酮類；復方新諾明(SMZ-TMP)。
③對癥治療：高熱用退熱藥及物理降溫，腹痛劇烈可用解痙藥如阿托品及顛茄。毒血癥癥狀嚴重者，可酌情小劑量應用腎上腺皮質素。
(2)慢性菌痢
①采用全身治療，如生活規律，適當鍛煉，避免過度勞累與緊張，進食富營養、易消化、少渣、無刺激的食物，積極治療並存的慢性疾病。
②病原治療：應抓緊做病原菌分離及細菌藥物敏感試驗，以助合理選擇應用有效抗菌藥物；聯合應用2種不同類型的抗菌藥物，療程須長，須1～3個療程；亦可應用藥物保留灌腸療法。
③對癥治療。
(3)中毒型菌痢：本型病勢兇險，應及時采用綜合措施搶救治療。
①壹般治療：同急性菌痢，由於病情變化迅速，故應密切觀察病情變化，如意識狀態、血壓、脈搏、呼吸及瞳孔變化。做好護理工作，減少並發癥。
②病原治療：應用有效的抗菌藥物靜脈滴註，用喹諾酮類或頭孢菌素如頭孢噻肟。
③對癥治療：降溫鎮靜；休克型：應積極抗休克治療；腦型：脫水，防治呼吸衰竭。