毛囊炎在治療之前，首先要明確毛囊炎感染的類型，不同類型的毛囊炎，治療差別很大。常見的有兩種，真菌性和細菌性。對於真菌性，最常見的馬拉色菌毛囊炎，常用的是酮康唑洗劑和布替萘芬軟膏，也可以選擇酮康唑乳膏。而且，由於馬拉色菌容易寄生在油脂豐富的部位，所以可以配合減少油脂的藥物吃，如維生素B6片、丹參酮膠囊等效果更好。如單純塗藥效果不佳，可聯合伊曲康唑膠囊口服治療。如果是細菌性，建議外用聚維碘酮或百多邦軟膏外塗，每天2次口服紅黴素腸溶膠囊。生活上註意個人衛生，多消毒衣物。
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