1.遺傳
據國外文獻統計，潰瘍性結腸炎患者的直系親屬中，15%～30%的人發病。此外雙胞胎的研究表明，單合子比雙合子更容易發病，提示本病的發生可能與遺傳因素有關。
2.自身免疫反應
多數學者認為本病屬於自身免疫性疾病。因為本病並發自身免疫病者較多，腎上腺皮質激素能使病情緩解，在部分患者的血清中可查到抗結腸上皮細胞抗體。某些患者感染腸道菌後，可與結腸上皮細胞抗原起免疫反應，因此懷疑結腸炎的發生可能與細胞免疫異常有關。
3.神經精神因素
有人認為精神因素在發病中起壹定作用，患者多有某些性格特征，對於生活中重大事件的心理承受能力和適應性差，屬心身疾病壹類。