蜂蜜的食用方法和時間對與保健效果和人體吸收有非常大的影響，科學的食用時間和方法可以最大化加強人體的吸收和充分發揮其保健功效。
食用時間：蜂蜜的食用時間非常重要，飯前的1小時食用，或者在飯後2小時後食用為最佳時間。如果有胃腸道的疾病，如潰瘍，炎癥等，這個是時候應該根據病情確定食用的時間，便於發揮蜂蜜的功效。有科學研究和臨床實踐證明：蜂蜜可以調節胃酸的分泌，當胃酸分泌過多或者過少，蜂蜜可以幫助胃酸分泌活動正常，對胃酸的分泌有雙重影響。
在飯前的1小時食用蜂蜜，蜂蜜可以抑制胃酸的分泌，通俗來講就是會減輕饑餓感，胃不會因為沒有進食而有灼燒感；但是在食用蜂蜜後馬上吃飯，蜂蜜這個時候不但沒有幫助，還會刺激胃酸分泌；溫熱的蜂蜜水溶液能使得胃液稀釋而降低胃液酸變，而冷的蜂蜜水溶液卻可提高胃液酸多，並能刺激腸道的運動，可以緩解便秘。
有胃炎、胃潰湯、十二指腸潰瘍的患者，在飯前的1小時飲用溫的蜂蜜水，可以抑制胃酸的分泌，從而使胃酸降低，這樣可以減少對胃粘膜的刺激，有利於潰瘍面的愈合；在每天睡覺前食用半杯溫的蜂蜜水，可以促進睡眠，因為蜂蜜有安神益智和改善睡眠的作用。但是不建議飲用過多，以防夜尿，特別是冬天出了被窩被凍壹下，不容易再次進入夢鄉了。
食用方法：蜂蜜雖然可以直接食用，但過度黏稠，直接食用口腔會非常難受，也難以下咽，最好的方式是將蜂蜜與水混合，配成蜂蜜水溶液，直接飲用。稀釋後的蜂蜜水，更容易被人體吸收，也容易下咽。
但這裏要註意：蜂蜜不可用開水直接沖，也不可用高溫熬制、蒸煮等，溫度過高的加熱，蜂蜜中的營養物質和生物酶會被破壞，不僅營養大大流失，還會使蜂蜜變色，香味揮發，味道也會有變化，帶少許的酸味。研究表明，在蜂蜜營養成分中酶類尤其是澱僂酶對熱極不穩定，值降低則證明蜂蜜特有的香味和滋味受到破壞而揮發，抑菌作用下降，營養物質被破壞。
最好使用40℃以下的溫水、溫牛奶等重復，完全冷水的話不太好化開，也可以用蜂蜜當果醬塗抹在面包上，亦可以用蜂蜜拌涼菜。
溫馨提示：食用蜂蜜的註意事項，不能與相克食物食用1、蜂蜜的營養成分比較復雜，蔥蜜同食後，蜂蜜中的有機酸、酶類遇上蔥中的含硫氨基酸等，會發生有害的生化反應，或產生有毒物質，刺激腸胃道而導致。
2、不宜與豆腐同食。豆腐味甘、鹹，性寒，能清熱散血。與蜂蜜同食易導致。同時蜂蜜中的多種酶類，豆腐中的多種、植物蛋白、有機酸等，二者同食不利於人體的生化反應。
3、不宜與韭菜同食。韭菜含豐富，容易被蜂蜜中的礦物質銅、鐵等離子化而失去作用。另外，蜂蜜可通便，韭菜富含纖維素而導瀉，容易引起腹瀉。
食用劑量蜂蜜因為含有大量的糖，糖尿病和肝硬化的人群不宜食用。
成年人每天食用量不宜超過150克，早晚吃少壹點，中午可以多吃點；
兒童每日食用量不宜超過30克。
麥盧卡蜂蜜蜂蜜對於細菌有抗菌殺菌的作用，但具體的功效還是要看蜂蜜的好壞。