陰陽學說在中醫學中的應用及其意義是：說明人體的組織結構、概括人體的生理功能、闡釋人的病理變化、指導養生。
說明人體的組織結構：
人體是壹個有機整體，人體內部充滿著陰陽對立統壹的關系。中醫學根據陰陽學說來“解剖”人體結構，執簡馭繁，簡單實用。從人體部位來說，上部為陽，下部為陰；體表為陽，體內為陰；背屬陽，腹屬陰；四肢外側為陽，四肢內側為陰。
以臟腑來分，五臟（心、肝、脾、肺、腎）屬陰；六腑（膽、胃、小腸、大腸、膀胱、三焦）屬陽。五臟之中又可根據其位置分為陽臟（心、肺）和陰臟（肝、脾、腎），每壹臟腑之中又可將其功能歸為陽，而其物質歸為陰。此外，經絡亦可分為陽經、陰經等等。
概括人體的生理功能：
中醫學認為人體的正常生命活動是陰陽兩個方面保持著對立統壹的協調關系的結果。所謂健康就是陰陽平衡狀態。人體的物質基礎屬陰，而生理功能活動屬陽，二者互相依存。
生理活動以物質為基礎，而生理活動的結果又不斷促進物質的新陳代謝（氣化）。如果人體的陰陽不能相互依存，相互為用，人的生命就會中止。
闡釋人的病理變化：
陰陽學說還被中醫學用來說明人體的病理變化，認為疾病的發生，是人體陰陽失衡所致。陰陽失調的表現形式很多，可歸納為陰或陽的偏盛偏衰，以及異常壹方對另壹方的累及等，這些可統稱為“陰陽不和”。
許多情況下，疾病發生、發展的過程，就是正邪抗爭，各有勝負的過程。這壹過程可以用陰陽偏勝、陰陽偏衰、陰陽互損、陰陽轉化作概括性的解釋。
指導養生：
人體陰陽平衡，是養生的根本。而人處於天地之間，自然之中，應與天地陰陽以及春夏秋冬四時陰陽協調統壹，才能延年益壽。《素問·四氣調神大論》指出：“聖人春夏養陽，秋冬養陰，以從其根。”明確了養生之道，在於調養人體陰陽與四時陰陽的協調，具有極為重要的意義。