1、入藥部位不同：
川椒：川椒的入藥部位是果皮。川椒為蕓香科植物青椒（香椒、青花椒、山椒、狗椒）或花椒（蜀椒、川椒、紅椒、紅花椒、大紅袍）的幹燥成熟果皮。
川椒目：川椒目是入藥部位是種子。川椒目為蕓香科植物花椒的種子。
2、功效不同：
川椒：溫中止痛，殺蟲止癢。
川椒目：利水消腫，祛痰平喘。用於水腫脹滿，哮喘。
3、性味不同：
川椒：辛、麻，溫。
川椒目：苦、辛，溫。
4、炮制方法不同：
川椒：秋季采收成熟果實，曬幹，去除種子及雜質。生用或炒用。
川椒目：篩去灰屑，揀去雜質，炒出汗（油）用。
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