北京中醫藥大學在北京有兩個校區。
西校區是主校區，大部分本科院校都在這裏。四所櫻花學校之壹，位於北三環。東校區是另壹個較小的校區，有中醫學校、護理學校和國際學院，位於望京北四環。
廊坊還有壹所東方學院，是新校區——良鄉校區，正在陸續建設中。目前大壹新生都會去良鄉。當所有搬遷完成後，東校區也將成為歷史。
東區占地100畝。除了國際學院，只有三棟宿舍樓，有兩棟半是女生住的。碩博也在東區讀書。慘不忍睹的六人雙層床宿舍外，是兩棟低矮的教學樓，壹個破舊的圖書館，壹個兩層的食堂，壹個可以排到操場的澡堂，壹個300米不能踢足球的操場，壹個普通學生眼中神秘的藥廠，構成了東區的生活節奏。