脂溶性色素主要是葉綠素、葉黃素和胡蘿蔔素，經常存在。此外，還有藏紅花素、辣椒素等。除葉綠素外，大部分都是四萜衍生物。這種顏料不溶於水。不溶於甲醇，溶於高濃度有機溶劑如乙醇、乙醚、氯仿和苯。胡蘿蔔素也不溶於乙醇。葉綠素等。在制備中草藥制劑或提取其他有效成分時，常作為雜質除去，以達到純化藥物的目的。中草藥(尤其是葉和全草)的乙醇提取物中含有大量的葉綠素，可在濃縮液中加水沈澱或用氧化鋁、碳酸鈣等吸附劑去除。
葉綠素本身具有抗菌作用，可以制成消炎藥。水溶性色素主要是花青素，也稱花色素苷，來源廣泛，采集於花中。溶於水和乙醇，不溶於乙醚、氯仿等有機溶劑，遇醋酸鉛試劑會沈澱，可為活性炭。