君臣佐使理論最早見於《內經》。《素問·至真要大論》曰：“主病之謂君，佐君之謂臣，應臣之謂使。
君臣佐使是方劑的組方原則。方劑是由藥物組成的，藥物通過有序的配伍以增強或改變其自身功用，調其偏勝，制其毒性，消除或減緩其對人體的不良反應，發揮藥物間相輔相成或相反相成等綜合作用，使各具特性的藥物組合成為壹個整體，從而發揮更好的預防與治療疾病的作用。君藥是針對主病或主證起主要治療作用的藥物。臣藥就是輔助君藥加強治療主病或主證或是針對兼病或兼證起治療作用的藥物。佐藥，有佐助即協助君、臣藥以加強治療作用，或直接治療次要兼證；或者佐制即制約君、臣藥的峻烈之性，或減輕或消除君、臣藥毒性的藥物。使藥是引經藥，能引方中諸藥以達病所的藥物；或調和藥，即具有調和諸藥作用的藥物。君臣佐使說明方中藥物在方中的位置和治療中的主次，協同拮抗關系，是藥物配伍的基本原則。