藥用價值不同。
孔雀草具有藥用和保健作用，其花葉可以入藥，有清熱化痰、補血通經的功效，能治療百日咳、感冒、氣管炎等疾病。然而，萬壽菊並非傳統的中草藥，其藥用價值尚未被充分研究。
花型不同。
萬壽菊和孔雀草開的花是極為相似的，但是二者有著壹些明顯的不同。萬壽菊的花朵更大壹些，花朵直徑約6-8厘米，而孔雀草花朵相對較小，花朵直徑約3-5厘米。
萬壽菊和孔雀草花朵的顏色也很像，大多是開黃色或橙黃色的花，不過孔雀草開花花瓣上會帶著紅色斑塊，萬壽菊則沒有紅色斑塊。如果花朵看起來呈現紅色，那就是孔雀草，因為它帶有紅色斑塊。而另壹方面，萬壽菊的花朵花瓣濃密，看起來比較飽滿，而孔雀草的花朵花瓣比較稀疏，沒有萬壽菊那麽層層疊疊。孔雀草的花瓣更加的平滑，萬壽菊的花瓣則是有許多的裂齒。
其他不同。
萬壽菊的花序梗頂端棍棒狀膨大，孔雀草的花序梗先端稍增粗。
孔雀草的花期在每年的7月份到9月份，萬壽菊的花期則比孔雀草的花期長，在每年的6月份到10月份。