早在兩千多年前,中國現存最早的中醫理論專著《黃帝內經》(即後世之《素問》和《靈樞》兩書,後者亦稱《針經》、《九卷》問世。
秦漢以來,內外交通日漸發達,少數民族地區的犀角、琥珀、羚羊角、麝香,以及南海的龍眼、荔枝核等,漸為內地醫家所采用。東南亞等地的藥材也不斷進入中國,從而豐富人們的藥材知識。《神農本草經》就是當時流傳下來的、中國現存最早的藥物學專著。
公元三世紀，東漢著名醫家張仲景在深入鉆研《素問》、《針經》、《難經》等古典醫籍的基礎上，廣泛采集眾人的有效藥方，並結合自己的臨床經驗，著成《傷寒雜病論》。
西晉醫家皇甫謐（公元215～282）將《素問》、《針經》、《明堂孔穴針灸治要》三書的基本內容，進行重新歸類編排，撰成《針灸甲乙經》12卷，128篇。