1、隸屬關系：中醫藥管理局隸屬於國家衛生健康委員會，作為其管理下的重要機構，負責中醫藥行業的具體管理工作。
2、合作與指導關系：衛健委對中醫藥管理局的工作進行指導和監督，確保其政策制定和執行符合國家和人民的健康需求。