巧克力囊腫可以用中藥治療，中藥治療此病效果很好，但需要辨證論治，臨床上常以桂枝茯苓丸為基本方。還有壹部分患者可能因為局部充血嚴重，會使用大黃蟄蟲丸、血府逐瘀湯進行全面調理，使巧克力囊腫盡快康復。
中醫治療本病以整體觀念為基礎，疏肝理氣、扶正培本、活血化瘀、軟堅散結、清熱解毒等綜合調節內分泌。使氣血運行，臟腑通暢。經絡為本，氣血為用，氣血是機體的物質基礎，臟腑是氣血生化之源，起著控制氣血生成和運行，調節氣血平衡的作用。氣是血液的動力。對於女性來說，血液是月經的物質基礎。如果臟腑功能失調，氣血運行就會受到影響，從而引發各種婦科疾病。
巧克力囊腫在中醫中沒有明確記載，但根據其癥狀和體征，屬於痛經、不孕、腹部腫塊、積聚、月經失調的範疇。中醫認為本病的主要病因是“血瘀”，由肝氣郁結或寒濕或脾腎兩虛，氣血運行無力或熱郁，瘀血阻滯，久變，癥狀，癔癥。因此，對運行不暢、淤血、瀦留、寒濕，要辨證施治，系統治療。中藥治療巧克力囊腫最明顯的優勢就是不開刀，治愈後復發率低。