治療的目的是控制已有的癥狀，防止重要器官的損傷，減緩疾病的發展。中醫壹般是通過脈診和辯證思維，服用湯劑治療，作為西醫的輔助治療。
白塞病的治療有個體化原則。不同的病人需要根據他的疾病的活動程度和涉及的器官不同來選擇不同的藥物。如急性活動期以口咽潰瘍為主，只需糖皮質激素軟膏或錫粉對癥治療。
反復發作的患者可口服秋水仙堿治療，眼疾患者除眼部局部用藥外，還需全身應用糖皮質激素和免疫抑制劑。白塞病預後較好，尤其是間歇性發作的患者。患者或許可以停藥，但需要註意的是，醫院要定期隨訪，防止復發。