牛黃清心丸宜口服，每次40-80粒；壹天兩次，孩子要減少。因此，兒童應在醫生的指導下，根據身體狀況服用適量的牛黃清心丸。兒童正處於生長發育期，神經系統、內分泌系統和許多器官發育不健全，肝腎的解毒排毒功能和血腦屏障的作用也不完善，多服藥物不利於兒童健康，應慎用藥物。
牛黃清心丸也有副作用，千萬不要當補藥吃。牛黃清心丸常見的副作用是腸胃不適。其中所含的人工牛黃、人工麝香不宜長期服用，胃潰瘍、十二指腸潰瘍及肝腎功能不全者不宜長期服用，必須慎用。長期使用會影響胃、十二指腸、肝、腎的功能。建議患者如有不適癥狀，應立即停藥並咨詢主治醫生。
現代中醫認為，牛黃清心丸是清心解毒、祛風化痰之品，既能調和營衛氣血，又能清心解熱。本方配伍精巧，溫涼和諧，不冷不熱，虛損或虛損者，體質強弱者皆可用。是治療風痰的首選，被譽為中醫界的“科學涼茶”。