集團領導班子被中組部、國務院國資委評為“四好領導班子”。2004年，被中共中央宣傳部、國務院確定為SASAC十大國有重點企業典型經驗之壹。2008年，同仁堂入選世界品牌價值實驗室編制的“中國買家滿意度第壹品牌”，排名第八。
作為中國第壹個馳名商標，同仁堂享有獨特的品牌優勢。參加《馬德裏公約》國家和《巴黎公約》國家註冊，受國際組織保護。在全球50多個國家和地區註冊，是首個在臺灣省註冊的大陸商標。
同仁堂集團被全國工業經濟聯合會和品牌戰略推進委員會推薦為對世界知名品牌影響最大的16家企業之壹，被中宣部命名為全國文明單位和精神文明建設先進單位。