機構包括中藥研究所、文獻信息研究所、中藥新藥研發辦公室、實驗動物和動物實驗中心。中藥研究所下設藥物研究室、藥理研究室、基礎研究室和國家三級實驗室——中藥分析實驗室。文獻情報研究所藏書20萬冊，其中中醫古籍2萬冊，中醫藥科技期刊800余種，醫學信息數據庫10余個。建院以來，* * *完成科研項目405項，取得科研成果129項，其中省級以上科研成果31項。發表交流論文2500余篇，專著200余部，專利10項，新藥3項。陸續開發出130多種療效確切的自制制劑。
陜西省中醫研究院漢唐制藥有限公司占地35畝，設備先進，技術力量雄厚，並於2003年2月通過GMP認證。年產值10多萬元。現在市場上有六種產品。
代管單位有陜西省中醫藥學會、中西醫結合學會、針灸學會辦公室、《陜西中醫藥》編輯部、《陜西健康檔案》編委會辦公室、陜西省中醫藥科技發展研究會、中國中醫藥報陜西記者站。