南京肛泰中醫醫院設有檢驗科、血液科、藥劑科、影像科、麻醉科、住院部等20個臨床醫技科室，常年開放床位200余張，醫療設備先進。醫院以中醫藥治療肛腸疾病為特色，不斷探索和發展許多獨具特色的中醫藥突破性療法，尤其是非手術療法和非藥物療法的應用。開發了多種治療肛腸疾病的內服外用中藥制劑，具有良好的臨床療效，得到了醫學界同仁和眾多患者的認可。同時，醫院設立了中醫外科、中醫內科、消化內科、中醫婦科、檢驗科、影像科等科室，專業服務人民健康。醫院與北京、天津、上海、重慶、廣州、石家莊、長沙、武漢等地的數十家肛腸研究機構保持著密切合作。借助該平臺，醫院建立了全省首個遠程專家會診平臺。同時與中華醫學會肛腸專業委員會、中華醫學會肛腸學分會、中華醫學會外科學會等國內權威醫療機構開展了長期的技術合作與交流，全面提升了醫院的發展速度和醫生的診療水平。
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