中藥毒理學和現代毒理學都是研究外源因素（化學、物理、生物因素）對生物系統的有害作用的應用學科。區別為：研究不同、理論基礎不同、目的不同。
壹、研究不同
1、中藥毒理學：中藥毒理學是研究中藥對生物體有害效應、機制、安全性評價與危險度評定的科學。
2、現代毒理學：現代毒理學是壹門研究化學物質對生物系統的有害作用的應用學科。
二、理論基礎不同
1、中藥毒理學：中藥毒理學的理論基礎為中藥學、毒理學、病理學、生物學等。
2、現代毒理學：現代毒理學的理論基礎為生理學、藥理學、病理學、生物化學等。
三、目的不同
1、中藥毒理學：中藥毒理學的目的是研究有毒中藥或有毒中藥組成的藥品，按規定使用，是否具有足夠低的危險性，為臨床安全合理用藥提供依據。
2、現代毒理學：現代毒理學的目的是為研制有良好選擇作用的毒物，通過比較毒性和選擇毒法，研制出更具選擇性的藥物和農藥等，並進行化學物質的安全性評價或危險性評價，制訂衛生標準，提供科學依據。