第壹個，保守治療，主要是對於巧克力囊腫的直徑小於五厘米，癥狀不嚴重，並且沒有生育要求的壹些人可以用壹些口服的藥物，或者是應用壹些鎮痛的藥物緩解癥狀。
第二個，手術治療，卵巢巧克力囊腫常常會破壞輸卵管或者是卵巢，所以經常會合並不孕，如果達到了兩年以上正常的性生活而沒有懷孕，就要進行腹腔鏡下將巧克力囊腫剝除掉同時探查輸卵管的通暢度，也就是輸卵管通液。
第三個，可以對於痛經和月經量偏多的女性，可以上曼月樂環緩解痛經和月經多的癥狀。
所以對卵巢巧克力囊腫，要根據患者具體的情況，在醫生的指導下選擇應用不同的治療方法。