野生藥材多分布於各大山區，蘊藏量較大的有三明市（25％）、寧德地區（17％）、建陽地區（13％）、漳州市（11％）和龍巖地區（12％）。栽培藥材多集中於東南丘陵地區，產量較大的有泉州市（24％）、漳州市（30％）和建陽地區（9％）。
大宗藥材有澤瀉、蓮子、烏梅、厚樸、太子參、穿心蓮、陳皮、海金沙、青黛，蘄蛇、金錢白花蛇及牡蠣等。