1.理論基礎不同:黃綺學派主要依據《黃帝內經》進行醫學研究和臨床實踐，強調整體觀念和平衡理論。經方學派根據《傷寒論》等醫學書籍中的本草方劑進行醫療，強調方劑應用的合理性。
2.治療方法和手段不同:黃綺學派主要采用針灸、推拿、草藥等方法進行治療，治療方法相對自由靈活。經方主要依靠合理使用草藥進行治療。