1、學習內容不同
中醫學是研究人體生理病理，疾病診斷與防治以及攝生康復的壹門醫學科學。更傾向於臨床治病。中藥學是研究中藥的基本理論和臨床應用的學科，是中醫藥各專業的基礎學科之壹。內容包括中藥、中藥學的概念，中藥的起源和發展。
2、發展不同
中藥學在學校學習的時間相對於中醫學來講可能會短壹些，將來也就和藥離不開了，但是不能上臨床，不能開處方。
中醫學學習的時間稍長壹些，並且就就業前景來講，本科及以下學歷的中醫學專業就業和待遇都不是太樂觀，但是研究生及以上學歷的就業前景及待遇問題就比較好了，就業後可能還會面臨醫師規範化培訓的問題。
3、從業不同
中醫學：從事臨床、科研、教學等
中藥學：從事中藥生產、檢驗、流通、使用及中藥產品實驗和研發。