藥用部位為藻類植物的藻體，這類中藥稱為藻類中藥。
藻類植物含有各種不同的色素，能進行光合作用，生活方式為自養，絕大多數是水生的。不同的藻類因含特殊的色素，使藻體顯不同的顏色。各種藻類的光合作用產物及貯藏養分不同。藻類常含多聚糖、糖醇、糖醛酸、氨基酸及其衍生物、膽堿、蛋白質、甾醇以及碘、鉀、鈣、鐵等無機元素。
與藥用關系密切的藻類主要在褐藻門、紅藻門，少數在綠藻門。
綠藻多數生活在淡水中，極少數在海水中。植物體藍綠色。貯存的養分主要是澱粉，其次是油類。
藥用的綠藻有石蒓及孔石蒓等。
紅藻絕大多數生長在海水中。植物體多數呈紅色至紫色。貯存的養分通常為紅藻澱粉，有的為可溶性紅藻糖。藥用的紅藻有鷓鴣菜、海人草等。
褐藻是藻類中比較高級的壹大類群，絕大多數生活在海水中。植物體常呈褐色。貯存的養分主要是可溶性的褐藻澱粉、甘露醇和褐藻膠，細胞中常含碘，如海帶中含碘量高達0.34%.藥用的褐藻有海藻、昆布等。