暫時不用的中藥材，可以放在幹凈的玻璃瓶裏，然後把瓶蓋蓋緊，在瓶口處滴壹圈蠟，密封。如果怕有異味，也可以密封後放入冰箱冷藏，這樣異味就不會散了，這樣保存還可以起到防蟲的作用。易被蟲蛀的藥物，如當歸等，過去可與少量花椒放在壹起。這個方法很有用。
通常，藥材必須儲存在低濕度的環境中。儲存時，最好使用幹燥的非鐵質密封罐，也可以用塑料袋包裹，隔絕空氣。如果需要經常吃藥，可以把藥做成小包裝，避免整體受潮。如果長時間不用藥，建議把藥放在冰箱裏保存。