有根的藥材有明顯的止血、降壓、宮縮、興奮呼吸、抑制潰瘍、利尿作用。能和脾、利濕、止血、明目。治療痢疾、水腫、淋病、乳糜尿、嘔血、便血、崩漏、月經過多、目赤等。
薺菜種子可榨油，入藥祛風明目，治眼痛、紫紺、白內障、黃疸。
薺菜花也被用作治療痢疾和子宮出血的藥。