但很多人並不采用正規的治療和根除方法，而是相信壹些土著的方法，或者服用壹些草藥如喝蒲公英茶、丁香茶、吃大蒜等。
其實這些都不靠譜。許多植物和中草藥在體外被證明對幽門螺桿菌有壹定的抑制甚至殺滅作用，但在人體上的臨床試驗證明它們根本沒有作用。目前治療幽門螺桿菌最可靠的方法是藥物治療，推薦的方法是四聯療法，即質子泵抑制劑、兩種抗生素和鉍。
質子泵抑制劑有奧美拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑、蘭索拉唑等，可以選擇，但如果服用其他藥物，與其他藥物相互作用較小的雷貝拉唑是最佳選擇。
兩種抗生素有七種組合:阿莫西林(1g，壹日兩次)+克拉黴素(0.5g，壹日兩次)；阿莫西林0.5g，壹日兩次+呋喃唑酮0.1g，壹日兩次；阿莫西林+甲硝唑；阿莫西林+四環素，枸櫞酸鉍鉀220mg，阿莫西林聯合左氧氟沙星。不建議將左氧氟沙星作為首選。
抗生素壹般飯後服用，質子泵抑制劑和枸櫞酸鉍鉀可在飯前半小時口服。幽門螺桿菌的療程為14天。