病毒藥物和抗菌藥物對病毒也無效，治療主要是口服中藥、抗病毒和對癥治療。可用阿昔洛韋、利巴韋林等西藥抗病毒；皰疹性咽峽炎根據中醫辨證屬於濕熱痹阻，多為外感濕熱襲咽峽所致。常用的治療方法有解毒利咽、燥濕退熱，以及新加入的湘西飲、甘露消毒丹、銀翹馬博散、退熱合劑、雙黃連、板藍根等。可根據辨證選用。心肌損害患者應適當臥床，並使用心臟保護藥物。也可采用加壓或超聲霧化吸入抗病毒藥物、化參龍丸、含漱利咽合劑、噴錫類散、噴金喉煎等。用於咽峽的局部治療；發燒的時候可以用羚羊角粉清火退燒防抽搐，也可以用理療降溫。當妳的體溫超過38.5℃時，可以使用索恩、美林等退燒藥。當體溫超過39.5℃，出現嘔吐、抽搐，影響飲食和睡眠時，可配合輸液支持療法和對癥中樞降溫措施；當血常規檢查白細胞計數、中性粒細胞升高時，提示有細菌感染，可聯合使用抗菌藥物，否則不宜使用抗菌藥物。