pH梯度萃取法的原理是由於溶劑系統pH變化改變了存在狀態（遊離型或解離型），從而改變了在溶劑系統中的分配系數。正是因為pH的差異而實現了各生物堿的分離，氯仿為親脂性有機溶劑，總生物堿皆可溶解於氯仿，這裏利用溶解度不能達到分離的效果。
樣品水溶液用pH3的有機溶劑提取，此時酸性物質多呈非解離狀態，因而溶於有機相中，堿性物質或中性物質呈解離狀態，存在於水相中，而達到分離的目的。
擴展資料：
註意事項：
1、分離混合物：在中藥提取物的有效部位中，往往含有結構相似、理化性質相似的幾種成分的混合物，用壹般的化學方法很難分離，可用色譜法分開。
2、精制化合物：在提取、分離得到有效成分時，往往含有少量結構類似的雜質，不易除去，也可利用色譜法除去雜質得到純品。
3、鑒定化合物：在壹定條件下，純粹的化合物在薄層色譜或紙色譜中都有壹定的Rf值，在氣相色譜和高效液相色譜中有壹定的保留時間，所以利用色譜法可以鑒定化合物的純度或利用標準品的對照來初步確定兩種性質相似的化合物是否為同壹物質。
百度百科-萃取法
百度百科-膜pH梯度