商家是否可以在食品制作過程中添加藥物來增加食補效果？

壹般不允許。根據《食品安全法》第五十條規定，生產經營的食品不得添加藥品，但可以添加傳統上既是食品又是中藥材的物質。按照傳統，既是食品又是中藥材的物質目錄由國務院衛生行政部門制定並公布。